Ribo-seq 기술 서비스

Ribo-seq 기술 서비스

기술 원리

단백질은 생명 활동의 주요 주도자이며, 번역 조절은 세포 내의 중요한 조절 방식이다.번역은 핵당체가 mRNA 템플릿을 읽어 단백질 합성을 지도하는 과정으로 유전자 발현의 핵심 단계다.번역의 과정은 엄격한 조절을 받고있으며 많은 질병은 번역이상과 관련된다. 례를 들면 신경퇴행성질병, 빈혈증과 발육장애 등이다.비록 핵당체의 구조와 기능 연구가 비교적 투철하지만, 번역 과정의 조절 기리에 대해서는 아직 깊이 연구해야 한다.

리보솜 프로파일링(Ribosome profiling,Ribo-seq는), 체내의 번역 상태를 상세하게 검사할 수 있다.Ribo-seq는의 기술 핵심은 리보핵과 결합 된 mRNA 및 번역되고 있는 약 30 개의 뉴클레오티드를 식별하는 것입니다.핵당체가 결합된 mRNA 세그먼트를 시퀀싱하면 번역 과정에서 핵당체의 위치를 정확하게 기록할 수 있다.그룹 및Ribo-seq는데이터 결합 분석으로 단백질의 합성 속도를 계산할 수 있다.

기술적 특징

Ribo-seq는단백질이 합성되는 시간, 장소, 위치, 어떤 단백질이 합성되고 있는지 및 단백질이 합성되는 조절 메커니즘을 밝혀낼 수 있다.Ribo-seq는전사조로부터 단백질조학까지의 교량을 구축하여 이미 동물, 식물과 미생물의 연구에 널리 응용되였고 생장발육, 형태건설, 질병발생, 역경협박호응을 밝히는 조절통제메커니즘에 사용되였다.

적용 방향

Ribo-seq는전사본의 번역 활성 연구, 번역 시작 위치, ORF 위치 및 단백질을 감정하는 번역 조정 메커니즘에 적용됩니다.

Ribo-seq는기술은 이미 동물, 식물과 미생물의 연구에 널리 응용되여 생장발육, 형태건설, 질병발생, 역경협박호응의 조절통제메커니즘을 밝혀내는데 사용되였다.아무튼,Ribo-seq는게놈 수준에서 단백질의 번역 상태를 감지하고 번역 중인 mRNA 시퀀스 정보를 얻고 번역 조정 메커니즘을 분석 할 수 있습니다.

람경과 신우세

실험 주기가 빠르고 품질이 높으며 결과가 안정적이고 믿을 만하다.

풍부한 종 경험.

Ribo-seq 기술 서비스실험 프로세스

분석 내용

표준 생신 분석

(1) 원시 데이터 필터링 및 시퀀싱 품질 평가

(2) 핵당체 RNA, tRNA, sRNA 등 비교 제거

(3) Reads 길이 분포 통계 및 길이 필터링

(4) 참조 게놈 비교

(5) 시퀀스 채도 분석

(6) 게놈에서의 RF 분포 통계 및 분류

(7) 삼염기 리듬 분석

(8) 번역 유전자 통계와 표현량 분석

(9) 샘플 관계 분석

(10) 그룹 간 차이 번역 유전자 분석

(11) 차이 번역 유전자의 GO와 KEGG 기능 부집 분석

Ribo-seq는RNA-seq와의 공동 분석

(1) 번역 효율 계산

(2) Ribo-seq와 RNA-seq의 상관관계 분석

(3) 번역 효율과 기록 수준의 관련 분석

분석 프로세스

실험 사례

샘플링 요구 사항

(1) 세포 샘플: 권장 샘플 5 × 106-1 × 107개.

(2) 동물 조직 샘플: 권장 샘플 전송량 ≥ 300 mg.

(3) 식물 조직 샘플: 권장 샘플 전송량 ≥ 500 mg.

샘플 그룹

대조 그룹과 실험 그룹을 포함하여 최소 2 그룹의 샘플, 샘플 수 제안: 3 Vs 3.

참고문헌

Brar는GA,바이스만JS.Ribosome 프로파일링은 단백질 합성의 무엇, 언제, 어디 및 방법을 밝혀줍니다.Nat Rev Mol 세포 Biol. 2015. 16(11):651-664.

Chong은C, Coukos G, Bassani-Sternberg M. 면역성 항원으로 종양 항원의 식별.Nat Biotechnol입니다. 2022. 40(2):175-188.

FreminBJ, Nicolaou C, Bhatt AS. 인간 미생물체에서 수백 개의 미생물의 동시에 리보소름 프로파일링.Nat Protoc입니다. 2021. 16(10):4676-4691.

인골리아NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS.Ribosome Profiling Strategy for Monitoring Translation in vivo by Deep Sequencing of Ribosome-Protected mRNA Fragments (리보소름 보호 mRNA 조각의 깊은 순서를 통해 생체에서 번역을 모니터링하는 리보소름 프로파일링 전략)Nat Protoc입니다. 2012. 7(8):1534-1550.

인골리아NT, Ghaemmaghami S, Newman JR, Weissman JS.Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling (리보소름 프로파일링을 사용하여 리리리리부오티드 해상도를 가진 번역의 게리리리리리리리노리리리리보소름 전체과학이에요 2009. 324(5924):218-223.

Juntawong은P, Girke T, Bazin J, Bailey-Serres J. Arabidopsis의 리보소름 발자국의 전체 유전체 프로파일링에 의해 밝혀진 번역 역학.Proc Natl Acad Sci U.S.A. 2014. 111(1):E203-212.

소이어는EB, Cortes T. Ribosome 프로파일링은 미코박테리아 번역에 대한 이해를 향상시킵니다.전면 Microbiol. 2022. 13:976550.

Xiang Y, Huang W, Tan L, Chen T, He Y, Irving PS, Weeks KM, Zhang QC, Dong X. 광범위한 하류 RNA 헤어핑은 시작 코시시시시온 선택을 동적으로 명령합니다.자연 2023. 621(7978):423-430.

Xu G, Greene GH, Yoo H, Liu L, Marqués J, Motley J, Dong X. 글로벌 번역 재프로그래밍은 식물의 면역 조절의 기본 층입니다.자연 2017. 545(7655):487-490.