미생물실험실은 일반적으로 청결구역, 조작구역과 무균구역 등 3개 구역을 포함하며 준비실, 배양실, 균종실, 소독실, 무균실 등 여러 방으로 나눌수 있다.미생물실험실은 전문분야(환경보호, 식품, 약품, 의학 등)와 성질(교수, 생산, 과학연구, 검측 등)에 따라 실험실의 구성과 규모에 큰 차이가 있다.