크로마토그래피 기둥의 정확한 사용과 유지보수는 매우 중요하며 자칫하면 기둥의 효과를 낮추고 사용수명을 단축하며 심지어 파손될 수도 있다.크로마토그래프 조작 과정에서 다음 문제를 유의하여 크로마토그래프 기둥을 유지해야 한다.

① 압력과 온도의 급격한 변화와 기계적 진동을 피한다.온도의 갑작스러운 변화나 크로마토그래피 기둥을 높은 곳에서 떨어뜨리는 것은 기둥 내의 충전 상황에 영향을 줄 수 있다;기둥의 압력이 갑자기 높아지거나 낮아지는 것도 기둥 안의 충전재를 충동시킬 수 있기 때문에 유속을 조절할 때 천천히 진행해야 하며, 밸브가 샘플에 들어갈 때 밸브의 회전이 너무 느려서는 안 된다 (앞에서 말한 바와 같이).

② 용제의 구성을 점차 변화시켜야 한다. 특히 반상 크로마토그래프에서 유기용제에서 전부 물이라고 직접 변화시켜서는 안 된다.

③ 일반적으로 크로마토그래피 기둥은 반충할 수 없으며, 생산자가 이 기둥이 반충할 수 있다고 지적할 때만 반충하여 기둥 끝에 남아 있는 불순물을 제거할 수 있다.그렇지 않으면 역습이 신속하게 기둥 효과를 떨어뜨릴 수 있다.

④ 고정상이 훼손되지 않도록 적합한 활동상(특히 pH)을 선택한다.때때로 샘플링 머신 앞에 예비 기둥을 연결할 수 있는데, 분석 기둥이 실리콘 접합일 때, 예비 기둥은 실리콘 접착제이며, 활동 상이 분석 기둥에 들어가기 전에 미리 실리콘'포화'되어 분석 기둥의 실리콘 기질이 용해되지 않도록 할 수 있다.

⑤ 기질이 복잡한 샘플, 특히 생물 샘플을 기둥에 직접 주입하는 것을 피하고, 샘플을 미리 처리하거나 샘플과 크로마토그래프 기둥 사이에 보호기둥을 연결해야 한다.보호기둥은 일반적으로 비슷한 고정상을 메운 짧은 기둥이다.보호 기둥은 자주 교체할 수 있어야 합니다.

⑥ 크로마토그래피 기둥을 강한 용매로 자주 씻어 기둥 안에 보관된 불순물을 제거한다.세척을 진행할 때 유로시스템에서의 활동상에 대한 교환은 서로 혼용된 용제로 점차 과도되여야 하며 매 활동상의 부피는 기둥부피의 20배 좌우여야 한다. 즉 일반적인 분석에는 50~75ml가 수요된다.

아래에 일부 크로마토그래피기둥의 세척용제와 순서를 렬거하여 참고로 삼는다. 규소고무기둥은 정기탄 (또는 경탄), 디클로로메탄과 메탄올로 순서대로 세척한후 다시 상반된 순서로 순서대로 세척하며 모든 용제는 반드시 엄격히 탈수해야 한다.메탄올은 잔류한 강극성 불순물을 씻어내고, 이미 부탄은 실리콘 표면을 다시 활성화시킨다.반상주는 물, 메탄올, 아크릴, 일염화메탄(또는 클로로포름) 순으로 씻은 다음 반대 순서로 차례로 씻는다.만약 다음 분석용 활동이 완충액을 포함하지 않는다면 Zui를 생략한 후 물로 씻을 수 있다.일염화메탄은 남아 있는 비극성 불순물을 씻어내는데, 메탄올(아크릴) 세척 시 100~200μl 테트라하이드로푸라진을 수차례 반복 주사하면 강한 소수성 불순물을 제거하는 데 도움이 된다.테트라하이드로푸란과 아크릴이나 메탄올의 혼합 용액은 유지를 제거할 수 있다.때로는 디메틸타미플루를 수차례 투여하기도 한다.이밖에 아크릴, 아세톤, 삼불초산 (0.1%) 으로 경도세척하면 단백질오염을 제거할수 있다.

양이온 교환 기둥은 희산 완충액으로, 음이온 교환 기둥은 희소 알칼리 완충액으로 씻어 교환 성능이 강한 소금으로 제거한 후 물, 메탄올, 디클로로메탄 (고정상의 표면에 흡착된 유기물 제외), 메탄올, 물을 차례로 씻는다.

⑦ 크로마토그래피 기둥을 보존할 때는 기둥 안에 아크릴이나 메탄올을 가득 채우고 기둥 이음매를 꽉 조여 용제의 휘발과 건조를 방지해야 한다.완충용액을 기둥 안에 남겨 두어 밤이나 더 오래 방치하는 것을 금지한다.

⑧ 크로마토그래피 기둥을 사용하는 과정에서 압력이 높아지면 하나는 소결 필터가 막힐 수 있으므로 필터를 교체하거나 꺼내 세척해야 한다.다른 하나는 대분자가 기둥 안으로 들어가 기둥 머리를 오염시킬 수 있다;만약 기둥의 효과가 떨어지거나 크로마토그래피의 봉이 변형된다면 기둥의 머리가 함몰되고 죽은 체적이 커질 수 있다.

뒤의 두 가지 상황이 발생했을 때, 기둥 이음매를 조심스럽게 비틀어 열고, 깨끗한 작은 강철로 기둥 머리 충전재를 1~2mm 높이(오염된 충전재를 깨끗이 제거하는 것을 주의한다) 로 다시 기둥 내 충전재를 평평하게 정돈한다.그런 다음 크로마토그래피 기둥을 적당한 용제의 촉촉한 고정상(기둥 안과 동일)으로 채우고 평평하게 누른 다음 기둥 이음매를 조입니다.이렇게 처리하면 기둥의 효능이 개선되지만 새 기둥의 수준으로 회복하기는 어렵다.