전자 현미경 (EM) 의 워크플로우는 샘플 제조, 장비 디버깅, 이미징 및 데이터 분석의 네 가지 핵심 부분을 포함하며, 각 단계는 이미지 품질을 보장하기 위해 정교하게 조작해야 한다.

샘플 제조는 영상의 기초이다.렌즈 (TEM) 는 샘플의 두께가 100나노미터 이하여야 하며, 생물 샘플은 아세트알데히드 고정, 경도 에탄올 탈수 및 에폭시 수지 포장을 통해 파묻은 후 초박형 절편기를 거쳐 나노급 절편으로 썰어야 한다;금속 샘플은 기계적으로 마이크로미터급까지 연마한 후 이온 감소 또는 전해 이중 분사법을 통해 더욱 줄여야 한다.스캐닝 렌즈 (SEM) 샘플은 표면 형태를 유지해야 하며, 생물 샘플은 전도성을 강화하기 위해 고정, 탈수, 임계점 건조 및 분금 처리를 거쳐야 한다.

설비 조정은 전원을 켠 후 30분 동안 예열해야 하며, 기기가 안정된 후에 진행해야 한다.먼저 전자총을 조정하여 전자빔이 견본에 초점을 맞추고 광맹을 통해 빔의 흐름직경을 제어하여 해상도와 밝기의 균형을 잡는다.그 후 회전 물경과 안경 초점 조절 고리는 초점 거리 조정을 진행하여 이미지가 선명한지 확인합니다.샘플의 특성에 따라 적절한 증폭 배수를 선택하여 너무 높으면 왜곡이 발생하지 않도록 합니다.마지막으로 명암비와 밝기를 조절하여 이미지 품질을 최적화하고 캐리어를 이동하여 대상 영역을 시야 중심에 배치합니다.

HD 이미징 단계에서는 샘플 유형에 따라 이미징 모드를 선택해야 합니다.TEM은 전자 관통 샘플을 통해 고해상도 이미지를 형성하여 세포 내부의 초미세 구조를 관찰할 수 있다;SEM은 2차 전자 신호를 이용하여 샘플 표면의 형상을 나타내며, 재료 표면의 특징을 분석하기에 적합하다.영상 제작 과정에서 실시간으로 영상 품질을 감시하고 적시에 파라미터를 조정해야 한다.

데이터 분석 단계에서 전문 소프트웨어를 이용하여 이미지를 확대, 회전, 측정 및 3차원 재구성하고 구조 파라미터와 형태 특징을 추출하여 과학 연구에 양적 근거를 제공한다.